L'examen par microscopie est pratiquement la seule technique utilisée dans les pays en développement, qui sont les plus touchés. Mais on estime qu' il ne permet de détecter qu'environ 50 % des cas car les bacilles sont souvent trop peu nombreux dans le crachat
Xpert MTB/RIF, fournit un résultat sur place en moins de deux heures, préparation et analyse comprises. Il suffit de mélanger un crachat avec un produit qui inactive le bacille de la tuberculose, de le déposer dans une cartouche plastique, puis introduire le tout dans un appareil qui effectue une analyse génétique par PCR (acronyme anglais d'amplification en chaîne de polymérase). Cette technique permet de détecter la présence du bacille, et des mutations conférant une résistance à la rifampicine, l'un des principaux antibiotiques utilisés. Les souches porteuses de ces mutations résistent généralement à plusieurs autres antibiotiques. Codéveloppé par la fondation FIND, l'université de médecine du New Jersey et la société Cepheid, ce test vient d'être évalué avec succès
